關於柏拉圖的亞特蘭提斯故事，是否為歷史事實，很早就有爭論。
柏拉圖的學生亞里斯多德就認為：亞特蘭提斯並不是歷史事件，只是要喚醒世人遠離腐化而虛構的故事。不過因為附會的一些歷史事件，於是就有人興起尋找故事根據的行動。
因為亞特蘭提斯很容易令人聯想到大西洋（Atlantic Ocean），因此人們就先由大西洋開始尋找亞特蘭提斯，不過並未找到類似的地方。一般說來，要確定亞特蘭提斯故事的舞臺，必須具備兩項基本條件：第一是經挖掘後，用科學調查方法能證明的確存在過文明；第二是有證據顯示該地區的文明，是因地震或火山爆發等突發性天災異變而消失。但至今大西洋仍未找到滿足這兩項條件的地方。
因此又有人將傳說中曾經存在於太平洋上的『莫爾大陸』，或印度洋上的『列牟利亞大陸』與亞特蘭提斯故事相連接。其實當初人們將注意力都集中於海洋，只因為柏拉圖的亞特蘭提斯故事，明白指出亞特蘭提斯王國沒入海底，但是在所有海洋上都不曾發現滿足兩個條件的地方。就在近乎絕望的時候，發現了另一傳說的遺址。
發現了特洛依（Troy）遺址
1912年保羅‧謝裏曼在《紐約美洲報》上發表了一篇題為《我是怎樣發現一切文明的發祥地亞特蘭提斯的》，文章在全球範圍內引起了轟動。保羅‧謝裏曼介紹了著名考古學家、他的祖父亨利‧謝裏曼的研究成果。
亨利‧謝裏曼相信每個神話傳說後面都有一部份事實作為其依據。於是他根據古希臘史詩《伊利亞特》發現了希臘古城特洛伊。在特洛伊王的寶物裡，亨利發現了一個青銅罐和幾件金屬製品，裏面有一些物件，都用腓尼基語寫著：屬亞特蘭提斯克諾斯國王。化學分析表明，這些金屬製品都是由白金、鋁、銅組成的合金，是幾千年後現代人才擁有的高科技。
亨利還發現，南美洲的瑪雅文化和非洲的埃及文化有很多相似之處，跟歐洲的也有很多聯繫，於是他猜測，遠古以前，在非洲大陸和美洲大陸之間，還存在一個大陸，那就是大西洲亞特蘭提斯，這裡的居民曾向埃及和中美洲遷移。臨去世前，亨利把他收集的證據和想法全部留給了後來者，他認定亞特蘭提斯不僅是美洲同非洲和歐洲西海岸之間的一塊大片陸地，而且還是西方文明的發祥地。
德國考古學家舒裏曼發現了特洛依（Troy）遺址。舒裏曼在幼年時期接觸到特洛依戰爭故事，因而興起探尋特洛依的念頭。 在此故事中，出現了宙斯等希臘神話中的眾神，因此人們一直認為這並不是歷史事實，只是荷馬腦海中的產物，憑空想像罷了。但是舒裏曼卻深信特洛依應該是真的，因此就學習希臘話，並籌措挖掘遺址所需的資金，最後在1873年終於大功告成。
特洛依城就位於土耳其境內，從此就確定特洛依戰爭是西元前1200年前後的事件。由於人們原本認為特洛依戰爭只是虛構的，沒想到竟然也具有歷史的背景，於是人們又興起對亞特蘭提斯的興趣。
諾薩斯宮殿的發現英國人艾凡斯依據舒裏曼敏銳的直覺，就收購位於希臘南部的克里特島，並於1900年發掘出諾薩斯宮殿。諾薩斯宮殿面積大約2萬平方公尺，主體分為四層樓，有1200~1500個房間，艾凡斯據此推測，包括宮殿周圍大約有8萬人居住於此，並說『此地完全看不到希臘和羅馬的遺物』。後來這個文明就叫做邁諾斯文明。
艾凡斯發現邁諾斯文明後，後來的學者發現這兒和柏拉圖的亞特蘭提斯有一些共通之處。例如，在克里特島上除了諾薩斯宮殿外，北岸的『瑪莉亞』，東岸的『加都沙克羅斯』，南部的『費斯特斯』等地也都找到宮殿遺跡，居住於這些宮殿的統治者之中，似乎以諾薩斯國王最具權力。這與亞特蘭提斯的故事中的狀況相似。
另外，亞特蘭提斯也十分注重牛，在克里特島，現存於壁畫中可看到跳牛背的年輕人圖案，酒器也有牛的圖案，而黏土製棺材上的葬禮畫中，所繪的犧牲品也是牡牛。克里特島上關於牛的神話也很多，其中之一是大家耳熟能詳的牛頭人身怪物米諾陶洛斯，此怪物被囚禁於諾薩斯宮殿般的迷宮中，後來被雅典英雄鐵修斯殺死。而在瑪莉亞和加都沙克羅斯也發現碼頭的遺址，由壁畫中可以見到華麗的船隻。 巧合的是邁諾斯文明也是銅器文化。這些事實與亞特蘭提斯故事中的情景都相當吻合。
西元前1400年時期邁諾斯文化突然崩潰，其直接原因是來自希臘本土的麥錫尼人的入侵，但後人知道麥錫尼人入侵之前，克里特島突然發生天災地變，更加強了邁諾斯王國歷史和亞特蘭提斯故事的相似性。
關於崩潰的疑問和聖多里尼島
1939年希臘考古學家馬裏那多斯調查克里特北岸的『奧姆尼蘇斯宮殿』，發現該地的損害狀況並不只是單純的地震所造成。例如宮殿西壁的大石頭掉落到外面，而且還有一些巨石找不到，大概是被隨地震而來的海嘯搬走了。
此外，克里特島其他地方也都可以發現同樣是由海嘯所造成的損害情形。 克里特島的東北部也可看到火山爆發之後的火山灰和浮石。能造成地震、海嘯和火山噴出物的天災地變只有火山運動，不過克里特島上並沒有火山，而根據物理地理學確定，此地方的火山應該是位於克里特島北方的聖多里尼島。 聖多里尼島目前還有旺盛的火山活動。馬裏那多斯在1939年挖掘『奧姆尼蘇斯宮殿』時，發現到很別緻的百合花壁畫，此壁畫於中央劃分為兩段，百合花繪在上段。馬裏尼多斯認為這象徵由兩個島嶼形成的邁諾斯王國，較寬的下段是克里特島，而上段則為聖多里尼島。 而在柏拉圖的亞特蘭提斯故事中，半徑9公里左右的小島，和其南方擁有廣大平原的大島，大概就是指聖多里尼島和克里特島。
在1967年時，馬裏尼多斯又在聖多里尼島南部展開挖掘工作，結果在火山灰下挖出面積約2萬平方公尺的宮殿遺址，其規模並不下於諾薩斯宮殿。其中有許多華麗的壁畫，包括好像將克里特島和聖多里尼島連結起來的艦隊。不過這些壁畫的畫風與克里特島略微不同，比較偏向於展現舒緩的市民生活狀況。
聖多里尼島的噴發聖多里尼島將大約直徑10公里的海洋圍起來，外型像個甜甜圈，包括中間海洋部份約為20公里，很像亞特蘭提斯故事中半徑9公里的『小島』，島中央面向海洋的斷崖高達200~300公尺，此斷崖延伸到海中深處，包括突出海面部份，大概有500公尺之高。 而內海中央有『內亞加梅尼』小島，島上有個活火山。因此，我們可以推想：聖多里尼島曾經是個略呈圓形，中央沒有海洋的島嶼，因為劇烈的火山活動，使得島中央陷入海底，形成破火山囗，之後海水灌入形成目前的形狀。
1956年訪問此地的地震學教授葛拉諾布諾斯，他立刻發現到此事實，並進行各種調查。他發現被火燒過的石屋廢墟，立即前往收集陶器、石器、燒過的松木片，以及人骨和牙齒。結果用碳14法監定松木片的年代發現，此木片於西元前約1400年前燒過，此結果與用同樣方法監定諾薩斯宮殿崩潰年代剛好吻合。
我們可以推想：西元前1400年左右，聖多里尼島的火山大肆活動，通常火山爆發之前會先發生相當頻率的小地震，隨之而來的噴發則噴出大量的浮石和火山灰，順著此地區夏季的地中海季風，西飄到克里特島等地，這就是克里特島東北部發現大量火山灰和浮石的原因，即使到現在只要一吹起西風，這附近的海面還會鋪滿火山灰和浮石，宛如亞特蘭提斯故事中所述的情景。
浮石和火山灰噴出以後，地底變成中空，地表因而下陷，成為廣達直徑10公里，斷崖高度數百公尺的破火山囗。破火山囗形成的同時也引起巨大的海嘯，由破火山囗的直徑和深度可以推測，這次海嘯的週期是數十分鐘，高達200公尺，如此大落差的海嘯襲擊克里特島北岸必定造成極嚴重的損害，因此徹底摧毀邁諾斯文明，希臘本土麥錫尼人的入侵，可算是對邁諾斯文化最後的一擊。
葛拉諾布諾斯的推測由上述推測得知，西元前1400年時期發生在聖多里尼島的天災巨變，很像是柏拉圖亞特蘭提斯故事的結尾。但至少還有兩個問題不能確定：一是亞特蘭提斯故事中提到的『海克力斯之柱』，一般是指直布羅陀海峽，但由希臘算起，邁諾斯王國並非在海克力斯之柱外面；其二是，柏拉圖指出使亞特蘭提斯王國滅亡的天災，發生在由柏拉圖時代算起的9000年前，但這麼古老的時期，連人類最早的美索不達米雅文明、埃及文明都還沒出現，更別說邁諾斯文明了。
根據葛拉諾布諾斯的調查，柏拉圖以前的希臘人指出，希臘本土南端的馬力亞和提那倫為海克力斯之柱。如此的話，邁諾斯王國自然就在海克力斯之柱外面。
關於第二個問題，葛拉諾布諾斯說明如下：在亞特蘭提斯故事中，出現很多以『1』為單位的數，和以『1000』為單位的數，如果將前者照算為「1」，後者則以所示數的『10分之1』來解釋，那麼亞特蘭提斯和邁諾斯王國之間的細節就比較合乎邏輯。由柏拉圖的時代往前追溯900年（9000年的10分之1），正好是邁諾斯文明崩潰的西元前1400年前後。另外，在關於亞特蘭提斯文章中也有提到，『大島的平原大小東西長3000斯塔吉安（約540公里），南北寬2000斯塔吉安（約360公里）、家畜數6萬、戰車數1萬、戰船數1200』。因此如果依照葛拉諾布諾斯的說法，似乎比較適合克里特、聖多里尼島的實際狀況。 而且他也強調，在邁諾斯的線形文字中，表示百、千、萬的符號很容易被混淆而引起混亂。
令人驚訝的雷同性如果以贊成的立場來仔細觀察，可以發現在地中海各地流傳著很多與發生在西元前1400年時期，與聖多里尼島火山噴發有關的史實和傳說。
埃及第18王朝第10代法老王阿克納頓（西元前1379~1362），他是埃及歷代法老王中唯一信奉一神教的，崇拜以圓板為象徵的太陽神阿頓，將首都由底比斯遷到提爾艾亞麻納。為什麼埃及只有在阿克納頓短短的在位期間崇拜太陽神？ 或許，是因為聖多里尼噴發的火山灰乘風到埃及，暫時遮蔽了陽光，使他了解到太陽的重要性，因而崇拜太陽神。
依照『舊約聖經』中『出埃及記』的記述，王子摩西為以色列（希伯來）人，上帝在西奈山只是摩西「十誡」後，他就帶領同胞離開埃及，不過埃及法老王卻派兵追逐這些人，正在逃命的途中卻發現廣闊的大海擋住了去路，正當不知所措時，摩西將手伸出，海水立即退乾，以色列人始得脫離險境，而追來的埃及軍隊卻被再度漲起的海水吞沒。
奧地利精神分析家佛洛依德認為，摩西應該是在阿克納頓逝世後的西元前1360年前後離開埃及。如此的話，就能將『十誡』與聖多里尼噴火，『紅海的奇跡』 。 與聖多里尼破火山囗形成時的大退潮大漲潮等現象連結在一起。 另外，多數聖經考古學家認為舊約聖經中的『紅海』，並不是現在的紅海，而是地中海沿岸的巴達威爾湖，在這地方就有可能發生與聖多里尼海嘯有關的『紅海奇跡』。
1928年前後，法國考古學家在敘利亞北部進行挖掘調查，後來發現成為『烏葛裏特文』的黏土板文書，根據其記載，烏葛裏特地區在西元前1365~1370年之間，曾飽受地震與海嘯的肆虐。 南英格蘭的史前巨石柱群，以及由威爾斯、蘇格蘭、愛爾蘭經法國（不列塔尼） 、西班牙、葡萄牙、到科西嘉等地中海島嶼都有巨石遺跡，其總數大約有五萬處。
在這些遺跡中，可以發現邁諾斯、麥錫尼文化的蹤影，因此可確定負責設計、監造的人來自愛琴海。巨石遺跡都建造於西元前1800年到西元前1400年前後，但於西元前1400年左右以後突然停頓，不知是否與邁諾斯王國的崩潰有關？這些令人訝異的雷同性，更令人加強確定克里特、聖多里尼兩島上的邁諾斯王國，和柏拉圖所說的亞特蘭提斯的關係。
